Насчет первой проблемы, просто запрашиваем ввод в 3 переменные: шифр, имя, фамилия. Затем строку выводим в файл. Повторяем для каждого студента.

Вторая проблема - поиск однофамильцев. Здесь нужно уточнить, считать ли однофамильцами таких студентов как "Иванов" и "Иванова"... Если нет, то просто считываем строки в массив, разделяем на слова и ищем парные. Как искать парные - объяснять, думаю, не надо. Сравниваем их с i=1 до n-1 и с j=i+1 до n (вроде так, чтобы ничего лишнего не затронуть). Если соответствующие фамилии строки равны, то выводим на экран их... Только и всего